Sim, no caso de constituição de empresa com abertura de filial dentro do estado de São Paulo, deverá acessar o VRE|Redesim, acessar o módulo de Viabilidade para preencher com o evento de constituição de empresa + abertura de filial, após a aprovação da prefeitura, seguirá para a etapa da Receita Federal, onde utilizará para preenchimento somente o Protocolo REDESIM obtido na solicitação de constituição da matriz no módulo de viabilidade e, após essa liberação acessará o módulo de Registro, Acesse a Junta Comercial, Acesse o VRE|Digital, Iniciar Registro e ao realizar o preenchimento da constituição da empresa, na etapa de “Dados da empresa”, no “Resumo do Processo” selecionar o ícone “Protocolo”, para visualizar o (s) Protocolo (s) Redesim da filial obtido na etapa da viabilidade.

Quando a filial for em outro estado deverá realizar a viabilidade no Integrador Estadual da Junta Comercial onde se localizar a filial para não correr o risco de realizar a abertura e depois a viabilidade ser recusada no outro Estado.

Na etapa de preenchimento do VRE|Digital, Iniciar Registro e ao realizar o preenchimento da constituição da empresa, na etapa de “Dados da empresa”, no “Resumo do Processo” selecionar o ícone “Vincular Novo Processo”. Esse mesmo caminho dentro do módulo de Registro deverá ser seguido quando se tratar Filial em outro país.

Informamos que, na abertura de filial no ato de constituição da empresa não é emitido número de CNPJ para filial, somente para a matriz. Somente após a constituição da matriz é que será obtido o número de CNPJ diretamente junto a Receita Federal. Junta Comercial do Estado.
Fonte: https://vredigital.jucesp.sp.gov.br/vre-digital/faq